Гомологиялык моделдөө шаблон менен максаттуу ырааттуулуктун ортосундагы окшоштукка негизделген максаттуу белоктун үч өлчөмдүү түзүлүшүн алат жана бул ыкма мембраналык белокторду изилдөөгө келгенде эффективдүү экенин далилдейт. GPCR сыяктуу кристаллдашуу кыйын, анткени ал …
Гомология моделдөө деген эмне жана ал эмне үчүн керек?
1.2.
Гомология моделдөө ишенимдүү структуралык моделдерди түзүү үчүн эң так эсептөө ыкмасы жана көп биологиялык колдонмолордо көбүнчө колдонулат. Гомологиялык моделдөө суроо протеининин 3D түзүмүн шаблон белокторунун ырааттуулугу аркылуу болжолдойт.
Гомология моделдөө принциби кандай?
Гомология моделдөө, ошондой эле белгилүү структуралар менен ырааттуулук гомологиясынын негизинде протеин структураларын болжолдоо салыштырмалуу моделдөө катары белгилүү. Ал " эгерде эки протеин жетишерлик жогорку ырааттуулук окшоштугуна ээ болсо, алардын үч өлчөмдүү түзүлүштөрү абдан окшош болушу мүмкүн" деген принципке негизделген.
Гомологияны моделдештирүү эмнеде?
Эгер эмпирикалык структурадан <=2 Å rmsd болгон "өтө ийгиликтүү гомология моделин" аныктасак, анда шаблон ийгиликке жетишүү үчүн максаттуу >=60% ырааттуулукка ээ болушу керек чен >70% Жогорку ырааттуу идентификацияларда да (60%-95%), ар бир он гомология моделинде rmsd >5 Å vs. бар
Гомология моделдөө жөнүндө төмөндөгүлөрдүн кайсынысы туура?
Түшүндүрүү: Аты айтып тургандай, гомологияны моделдөө белгилүү структуралар менен ырааттуулук гомологиясынын негизинде протеин түзүмдөрүн болжолдойт Гомологияны моделдөө шаблон белоктору менен тегиздөөнүн негизинде бүт атом моделин чыгарат.… Тегиздөө кадамында жасалган каталарды кийинки моделдөө кадамдары менен оңдоого болбойт.
